الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان ولد في عام 1948 في مدينة العين ، بالمنطقة الشرقية لإمارة أبوظبي ، في بيت عريق ، وهو أكبر أنجال الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان ، وسمي بهذا الاسم على جده الشيخ خليفة بن شخبوط .

        ووالدته من بنات عمومة الشيخ زايد وهي سمو الشيخة حصة بنت محمـد بن خليفة بن زايد آل نهيان ، والشيخ خليفة نموذج مشرف لأفراد أسرة آل نهيان بكل أصالته ومعدنه النفيس .

        وبدأت تربية الشيخ خليفة بن زايد آل نهيان على حفظ القرآن الكريم ، والملازمة الدائمة لوالده الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان الذي نهل منه مكارم الأخلاق والصفات الحميدة والكرم والشجاعة .

وقد تلقى تعليمه الأساسي في مدينة العين التي لم تكن تتوفر فيها في ذلك الوقت مدارس نظامية.

  وكانت لنشأة الشيخ خليفة في مدينة العين أهمية خاصة ، إذ أن هذه المدينة التي تعد ثاني أكبر المدن في إمارة أبوظبي ، تشكل قاعدة لكثير من القبائل المحلية ، مما وفر له فرصة واسعة للاحتكاك الميداني بهموم المواطنين ، وجعلته قريباً من تطلعاتهم وآمالهم . وقد ظهر أثر ذلك جلياً في مرحلة الطفرة التنموية التي كان الشيخ خليفة بن زايد يقود منها مبادرات عديدة لصالح المواطنين ، وكانت هذه المبادرات تحظي بمباركة ورعاية والده الشيخ زايد الذي أوكل إليه الكثير من المهمات خاصة مهمات البناء الداخلي.