في يونيو سنة 1855 اختارت عائلة آل نهيان الشيخ / زايد بن خليفة ، وكان لا يزال شابا في العشرين من عمره لحكم الإمارة خلفا لابن عمه الشيخ / سعيد بن طحنون ، وقد حالفه توفيق كبير من الاستقرار والهدوء والتلاحم بين القبائل .

وصف المؤرخون الشيخ / زايد بالحكمة وسداد الرأي والجلد والهيبة ، وبفضل هذه الصفات الحميدة فهم الشيخ / زايد المتغيرات السياسية ، وساعده هذا على الاستمرار في الحكم منذ عام 1855 وحتى 1909 .

على إن عصر زايد الكبير لم يخل من أحداث جسام أثرت في تاريخ إمارة أبوظبي ، فحين اختارته الاسره الحاكمة ليتولى حكم الإمارة لم يكن الطريق ممهداً ، ولكنه استطاع بحنكته ودرايته أن يذلل العقبات ، ويتخطى الصعاب بإقامة علاقات الصداقة بين بني ياس والقواسم ، وبدأ عهدا من السلام والتعاون معهم ، كذلك تعاون الشيخ / زايد الكبير مع آل مكتوم في دبي ، واتجه ببصره نحو البريمي ، ووطد نفوذه فيها ، واستطاع بأفقه الواسع إن ينهي هجرة القبيسات خارج أبوظبي ، إذ سمح لإفرادها أن يرجعوا وأعاد إليهم كل ممتلكاتهم .

وتوطدت في عهده العلاقات التقليدية بين أبوظبي وعمان ، وتبودلت الزيارات بين الحكام ، وذكر السيد برسى كوكس في اكثر من موضع في مذكراته الصلاحيات الواسعة للشيخ / زايد الكبير بقوله : لقد ظل زايد بن خليفة حتى اليوم الأخير من حياته في عام 1909 يحتفظ بصلاحيات مطلقة لم تتعرض للتحدي في السنوات الثلاثين الأخيرة من حكمه ، ولم يسبق لأي من حكام آل بو فلاح أو غيرهم من شيوخ الساحل ان مارس نفس السلطان الذي وصل إليه زايد في شرق الجزيرة العربية .

وعلى صعيد الإصلاحات فقد شهد مجتمع أبوظبي خلال عهده الطويل تطورا ملحوظا في شتى المجالات السياسية والاقتصادية والاجتماعية ، فقد انتعشت التجارة وشهدت الزراعة توسعا ملموسا .

ولم تكن جهود الشيخ / زايد بن خليفة قاصرة على ما حدث في المجتمع من تطورات سياسية أو اقتصادية ، ولكنها أحدثت كذلك تطورا كبيرا في النواحي الفكرية والثقافية ، وليس هناك أبلغ من الوصف الذي اضفاه الرحالة والمؤرخ كلارنس مان وذلك حين قال : إن الشيخ الحالي لابوظبي الشيخ / زايد بن خليفة يحكم إمارة مترامية الأطراف ، وهو أقوى شخصية في إمارات الساحل المتصالح ، ويمتد سلطانه إلى بريمي .

وبنى الشيخ / زايد الكبير قلعة الجاهلي المهيبة عام 1898 ، وهي تعتبر تحفة أثرية عظيمة مازالت قائمة حتى الآن .

يقول كيلي : وكان زايد الذي ارتقى سدة الحكم أقوى شيوخ المشيخات المتصالحة ، وكان زايد بن خليفة قد وسع سلطانه في الشطر الأكبر من الأرض الداخلية المجاورة لساحل عمان المتصالح ، بل وحتى منطقة الظاهرة ، حيث بات نفوذه متفوقا على نفوذ سلطان آل بوسعيد .

وتوفى زايد الكبير في عام 1909 ، وترك شئون إمارة أبوظبي وهي مثال للأمن والنظام ، أمانة في يدي أبنائه وأحفاده من بعده .