بفضل التوجيهات السامية لصاحب السمو الشيخ حمد بن محمد الشرقي عضو المجلس الأعلى حاك الفجيرة تم بحمده تعالى افتتاح هذه المتحف في الثلاثين من نوفمبر 1991م ليضم المتحف المكتشفات الأثرية الكبيرة التي تم اكتشافها نتيجة للحفريات الأثرية التي أجريت منذ النصف الثاني من الثمانينات ، واحتوى المتحف في بدايته على قاعة كبيرة للآثار وأخرى للتراث لتكون مكملة له وفي العام 1998م أنجزت أعمال توسيع كبيرة ليصبح المتحف بموجبها يتكون من قاعتين كبيرتين للآثار وثلاث قاعات للتراث ، ويضم قسم الآثار مجموعة فريدة متنوعة من التحف الأثرية التي عثر عليها نتيجة للحفريات الأثرية التي تجربها إدارة الآثار والسياحة بالعين وبعثات آثار أجنبية متعددة أهمهـا البعثات الأسترالية والسويسرية والبريطانية والبلجيكيـة والفرنسيـة ، وهناك تعاون سوف يبدأ في نهاية صيف هذا العام مع بعثة آثار يابانية بإذن الله ، ويحتوي قسم التراث على المواد التراثية التي كان يستخدمها إنسان المنطقة حتى عهد قريب 0

والمتحف في مجمله يهدف إلى عكس وإبراز صورة واضحة للزائر عن عمق ماضي الفجيرة وتسلسل تاريخها الحضاري والذي تشير الدلائل الأثرية إلى أن تاريخ الاستيطان البشرية في هذه الإمارة يرجع إلى الألف الثالث قبل الميلاد على اقل تقدير0